純心女子短期大学当初より郷土史研究、特にキリシタン研究に力がそそがれ、資料の収集が行われていました。

1982年に純心女子短期大学 長崎地方文化史研究所の開設時に資料の一般公開が始まり、1992年に純心女子短期大学付属歴史資料博物館が開設されました。
1994年長崎純心大学の開学とともに、長崎純心大学博物館となり、1996年には博物館法による相当施設となりました。

イエズス会年報をはじめ、16・7世紀の欧文資料、キリシタン制札や宗門改踏絵帳などの禁制資料、マリア観音等の潜伏キリシタンおよび、聖教初学要理等復活キリシタン関係資料などや長崎版画や郷土史関係古文書などが保管されています。また、文化コミュニケーション学科の学生が習得できる学芸員資格の実習の場にもなっています。その他にも、キリシタン文庫、磯村平和文庫、郷土史関係の本などが併設されています。

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